Un ulteriore beneficio portato da un'auto con impianto a metano riguarda una minore quantità di emissioni. Il tutto va a vantaggio dell'ambiente, che risulta molto meno compromesso dall'inquinamento.
Tutti gli impianti a metano emettono circa il 25% in meno di sostanze nocive rispetto ad un impianto a benzina. Rispetto alle vetture a gasolio, la percentuale di emissioni in meno tocca il 30%, mentre, nel caso delle auto alimentate a GPL, si parla del 10%.
Inoltre, le auto a metano non prevedono emissioni di idrocarburi potenzialmente pericolosi, come ad esempio il benzene. Il metano, difatti, nuoce molto meno.
D'altra parte, un impianto del genere consente di circolare liberamente durante le giornate ecologiche e nelle zone a traffico limitato.